A segunda temporada é muitas vezes atribuída como parte da primeira. Apesar de não se diferenciar muito dela, ocorreram algumas mudanças bem notáveis. Na primeira, os episódios tinham em sua maioria 5 capítulos, algumas exceções com 10 e 20 no caso de "
Doze Trabalhos de Hércules". Nessa "nova" temporada os episódios duravam agora entre 7 e 26 capítulos, e sua duração que antes era de 20, 25 minutos, foi reduzida para apenas 15 minutos, como havia sido planejado em 2001, mas que acabou não sendo cumprido.
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| O elenco adulto junto ao novo autor |
Em 2002, Luciana Sandroni, Cláudio Lobato, Mariana Mesquita e João Brandão saíram da redação do programa, e o texto passou a ser assinado por Walcyr Carrasco que contava com a colaboração de Thelma Guedes e Mário Teixeira. A equipe de direção de 2001, também foi substituída, passando a ter apenas a direção geral de Cinninha de Paula e Paulo Ghelli. No geral, grande parte da equipe técnica saiu do programa. Outra mudança nem tão notável, foi que as cenas externas deixaram de acontecer num sítio de Guaratiba (RJ) e passaram a acontecer em outro mais perto do Projac para facilitar a edição. Nesse sítio, foi construída uma réplica da casa da temporada anterior.
A gruta da Cuca, também sofreu mudanças. As paredes que antes eram marrom claro, passaram a ser roxo escuro, para poder dar um ar mais sombrio ao ambiente. Além disso, a personagem agora, passou a ser mais presentes nas reinações da turma. A justificativa é que nessa temporada, os episódios não eram mais adaptados dos livros, e eram na verdade novas aventuras criadas pela equipe de redação, igual a versão de 1977 do Sítio.
Essa temporada introduziu o Pesadelo (Leandro Léo) no episódio
A Convenção das Bruxas, um monstro que vira ajudante da Cuca, mas o qual ela demite em
O Tesouro. Zé Carijó (Cassiano Carneiro), um caipira que é contratado por Dona Benta para ajudar o Tio Barnabé (João Acaiabe), entrou em
Bruxa Mãe... Bruxa Filha permanecendo até o final da temporada. Na temporada de 2003 ambos voltam como personagens fixos. A temporada teve ao todo 85 capítulos mantendo uma média de 16 pontos.
Essa temporada introduziu o Pesadelo (Leandro Léo) no episódio A Convenção das Bruxas, um monstro que vira ajudante da Cuca, mas o qual ela demite em O Tesouro. Zé Carijó (Cassiano Carneiro), um caipira que é contratado por Dona Benta para ajudar o Tio Barnabé (João Acaiabe), entrou em Bruxa Mãe... Bruxa Filha permanecendo até o final da temporada. Na temporada de 2003 ambos voltam como personagens fixos. A temporada teve ao todo 85 capítulos mantendo uma média de 16 pontos.